佐世保で家を建てる、買う、建て替えるときには、国・長崎県・佐世保市のそれぞれに使える補助金や助成金があります。新築で金額が大きいのは国の制度で、長崎県と佐世保市は耐震や中古住宅の取得、移住、改修を支える制度が中心です。このページでは、2026年（令和8年度）時点で佐世保の方が対象になりうる住宅関連の補助金を、国・県・市の順にお伝えします。あわせて、補助金をより有利に使うための選び方として、長期優良住宅についてもご紹介します。
はじめに
住宅の補助金は、どこが出しているかで性格が分かれます。新築でまとまった金額になるのは国の制度です。長崎県と佐世保市は、古い木造住宅の耐震化、中古住宅の取得や改修、県外からの移住といった場面を支える制度が中心になります。
もう一つのポイントは、住宅の性能を上げるほど補助の金額が大きくなり、税金の面でも有利になる仕組みになっていることです。その代表が長期優良住宅で、後半で補助金とあわせて説明します。
国の補助金：みらいエコ住宅2026事業
新築で中心になるのが、国土交通省・経済産業省・環境省が実施する「住宅省エネ2026キャンペーン」です。
新築とリフォームを対象にした複数の補助事業で構成され、新築の柱がみらいエコ住宅2026事業です。2025年の「子育てグリーン住宅支援事業」の後継にあたります。
補助額（佐世保は6地域）
注文住宅を新築する場合の補助額は、住宅の性能で変わります。佐世保は地域区分6地域（5〜8地域の温暖地）に入るため、次の金額が目安です。（長崎市は7地域、金額は同じ）
- GX志向型住宅：110万円／戸
- 長期優良住宅：75万円／戸
- ZEH水準住宅：35万円／戸
- 長期優良住宅・ZEH水準住宅で、要件を満たす古家の除却を伴う場合は20万円を加算
対象になる世帯
GX志向型住宅はすべての世帯が対象です。長期優良住宅とZEH水準住宅は、子育て世帯または若者夫婦世帯が対象になります。子育て世帯は申請時点で18歳未満（令和8年4月1日時点）の子がいる世帯、若者夫婦世帯は申請時点で夫婦のいずれかが39歳以下（令和8年4月1日時点）の世帯を指します。
対象になる住宅と工事
- 2025年11月28日以降に基礎工事へ着手した住宅であること
- 住戸の床面積が50平方メートル以上240平方メートル以下であること
- 建築主自身が居住すること
申請の期限
2026年に家づくりを進める方は、申請の時期に注意が必要です。ZEH水準住宅の注文住宅は、交付申請の予約が遅くとも2026年8月17日まで、交付申請が遅くとも2026年9月30日までとされています。GX志向型住宅と長期優良住宅は、予約が遅くとも2026年11月16日まで、交付申請が遅くとも2026年12月31日までです。いずれも予算の上限に達した時点で、その期日より前に受付が終わる場合があります。
申請は施工会社が行います
この補助金の申請手続きは、事業に登録した「みらいエコ住宅事業者」が建築主に代わって行います。住宅を建てる方が直接申請することはできません。家づくりを依頼する会社が事業者登録をしていることが、補助金を使う前提になります。
リフォームの補助（窓・給湯）
住宅省エネ2026キャンペーンには、窓の断熱改修を対象とする「先進的窓リノベ2026事業」や、高効率給湯器の設置を対象とする「給湯省エネ2026事業」もあります。ただし、同じ住宅で注文住宅の新築の補助を受けた場合、その住宅では窓リノベ・給湯省エネの補助を重ねて受けることはできません。各事業の2026年度の補助上限額は、最新の内容を公式サイトでご確認ください（※要確認）。
長崎県の制度
長崎県耐震・安心住まいづくり支援事業
長崎県は、昭和56年5月31日以前に建てられた戸建ての木造住宅の耐震化を、市町と一緒に支援しています。補助額や条件は市町によって異なります。古い家の建て替えや耐震改修を検討している方に関係する制度です。詳しくは長崎県の助成制度のページと、佐世保市の建築担当窓口でご確認ください。
通学路のブロック塀等の撤去支援
地震のときにブロック塀が倒れる被害を防ぐため、県は市町と連携し、小中学校の通学路にある倒壊の危険があるブロック塀等を撤去する方への支援を行っています。外構の見直しを考えている場合に確認したい制度です。
太陽光発電設備等共同購入事業
太陽光発電については、県が「太陽光発電設備等共同購入事業」を実施しています。これは補助金ではなく、購入希望者をまとめることで価格を抑える仕組みです。設置費用を下げたい場合の選択肢になります。
佐世保市の制度
佐世保市の住宅系の制度は、新築よりも中古住宅の取得や改修、移住を支えるものが中心です。新築でまとまった補助を受けたい場合は、前半で説明した国の制度が主役になります。佐世保市が出している国の補助制度の案内は、市の脱炭素関連ページでも確認できます。
佐世保市子育て応援住宅支援事業補助金
居住誘導区域の外に住む子育て世帯が、居住誘導区域内の中古住宅を取得して移転する場合に、取得費用の一部を支援する制度です。補助率は中古住宅取得費の5分の1以内、上限は40万円で、担当は市の住宅政策課です。対象は新築ではなく中古住宅の取得である点に注意してください。予算が限られており、受付が早い時期に終わることがあります。令和8年度の正式な要件は、住宅政策課でご確認ください（※要確認）。
佐世保市移住支援金
東京23区に在住または通勤していた方が佐世保市へ移住し、就業や起業などの要件を満たす場合に交付される支援金です。2人以上の世帯で100万円、18歳未満の世帯員1人につき100万円を加算、単身者で60万円が交付されます。対象が東京圏からの移住者に限られるため、当てはまる方は限定されますが、該当する場合は金額が大きい制度です。詳しくは佐世保市移住支援金のページをご確認ください。
移住応援住宅助成金（現在の取り扱い）
県外からの移住者が佐世保市で住宅を新築・購入・改修する場合の助成金として、かつて20万円から60万円（対象経費の2分の1以内）の制度がありました。新築の場合は、施工業者が佐世保市内に本店・支店等を有する法人または市内に住所を有する個人に限るという地元業者の要件がありました。ただし、市の公式ページには、この助成金が令和6年3月31日で廃止予定で、翌年度以降は制度の有無を含めて未定と記載されています。2026年時点で利用できるかどうかは、西九州させぼ移住サポートプラザでご確認ください（※要確認）。
太陽光発電設備等設置補助金（市独自分）
佐世保市独自の太陽光発電設備等設置補助金は、令和8年度は終了しています。太陽光の設置費用を抑えたい場合は、前述の県の共同購入事業が選択肢になります。
補助金を活かすオプション：長期優良住宅という選び方
ここまでが、佐世保で使える補助金の中心です。ここからは、補助金をより有利に使うための選び方として、長期優良住宅という選択肢を説明します。住宅の性能を長期優良住宅まで上げると、補助金が大きい枠に入り、税金の面でも負担が軽くなります。
補助金が大きい枠に入る
前半で見たとおり、みらいエコ住宅2026事業では、長期優良住宅の補助額は75万円（佐世保は6地域）です。古家の除却を伴えば20万円が加算されます。ZEH水準住宅の35万円と比べると、性能を一段上げることで補助額が大きくなります。
住宅ローン減税の枠が最上位になる
住宅ローン減税は、住宅の性能で借入限度額が変わります。2026年に入居する新築の場合、長期優良住宅・低炭素住宅の借入限度額は4,500万円で、控除率0.7パーセント、13年間で最大409.5万円が控除されます。子育て世帯と若者夫婦世帯は借入限度額が5,000万円になり、13年間で最大455万円です。一方、省エネ基準を満たさない新築は住宅ローン減税の対象外になります。長期優良住宅にしておくことで、減税の枠が最上位かつ確実になります。なお最大控除額は試算上の数値で、実際の控除額は年末のローン残高や所得税額によって変わります。
税金の負担が軽くなる
- 不動産取得税：課税標準から1,300万円が控除されます（一般住宅特例は1,200万円控除）
- 固定資産税：新築住宅の2分の1減額の期間が、戸建てで5年に延長されます（一般住宅は3年）
- 登録免許税：保存登記・移転登記の税率が一般住宅より軽減されます（令和8年度の具体的な税率は※要確認）
そのほかの優遇
- 住宅取得等資金の贈与税の非課税：長期優良住宅は「質の高い住宅」として最大1,000万円まで非課税です（一般住宅は500万円）。現在は2026年12月31日までの贈与が対象で、延長の有無は※要確認です
- 住宅ローン金利の引き下げ：長期優良住宅は【フラット35】の維持保全型やSの金利引き下げの対象になります（適用区分は※要確認）
- 地震保険料の割引：長期優良住宅は耐震等級2以上が認定の要件のため、耐震等級割引（等級2で30パーセント、等級3で50パーセント）が適用されます
申請のタイミングに注意
長期優良住宅の認定は、工事に着手する前に申請手続きを終えておく必要があります。着工してからでは認定を受けられません。土地探しや資金計画、商品やプランを決める段階から、認定を前提に話を進めることが大切です。
性能と立地で気をつけたいこと
住宅ローン減税には、住宅の性能と立地に関する条件があります。性能の面では、2024年1月以降に建築確認を受けた新築住宅は、省エネ基準に適合していないと住宅ローン減税を受けられません。2025年4月からは建築基準法の改正により、新築住宅の省エネ基準への適合が原則として義務化されています。これから建てる家は省エネ基準を満たすことが前提になり、長期優良住宅やZEH水準の住宅であれば、この要件は当然に満たします。
立地の面では、土砂災害特別警戒区域などの災害レッドゾーンにある新築住宅について、令和10年（2028年）以降に入居する場合は住宅ローン減税の対象外になります（建て替え・既存住宅・リフォームは対象です）。なお、みらいエコ住宅2026事業の補助金では、こうした区域にある住宅は現時点で原則として対象外とされています。土地を契約する前に、対象区域に当たらないかを確認しておくと安心です。
佐世保で家づくりをお考えの方へ
補助金や長期優良住宅の認定は、着工前の段取りが必要なものが多く、土地や資金計画の早い段階から組み立てておくと、使える制度を取りこぼしにくくなります。どの制度が自分の家づくりに当てはまるかは、ご家族の状況やプランによって変わります。佐世保での家づくりに関することはまずはお気軽にアルファ建築空間佐世保オフィスにご相談ください。
※このページの内容は2026年時点の情報をもとにしています。補助金や税制優遇の金額・期限・要件は変更されることがあり、予算の上限で受付が終わる場合もあります。申請の際は、各窓口や公式サイトで最新の内容をご確認ください。